יצחק נבון היה אהוב ומוערך מאוד בקרב כל שכבות האוכלוסייה, על כל עדותיה, תרבויותיה ודתותיה, ויעידו על כך הכינויים שזכה להם: "נשיא העם" או "נשיא בגובה העיניים". בקרב רבים מבני עדות המזרח היה השם "יצחק נבון" אסוציאטיבי ל-"הוא משלנו"- הנשיא הספרדי הראשון, שהכיר, הוקיר, האיר וטיפח את תרבותם העשירה, שהייתה עד אז מושתקת ובשוליים. 

יצחק נבון נהג למנות תכונות יסוד אופייניות ליהדות ספרד: שילוב מדע ואמונה, מתינות ודרך האמצע, ואהבת התנ"ך, העברית וארץ ישראל. 

תרבות יהודי ספרד ושפת הלאדינו היו ערש ילדותו ותפסו מקום מרכזי בכתיבתו. בין יצירותיו, המופע הקונצרטנטי של שירי קודש וחול "רומנסרו ספרדי"; סדרת הטלוויזיה שבה נטל חלק  "ירושלים שהיתה בספרד", ובולט במיוחד, המחזה המצליח ביותר מאז קום המדינה, "בוסתן ספרדי", המתאר את חייה של משפחה ספרדית בירושלים הרב-תרבותית. הוא ראה ביצירותיו סגירת מעגל מסוימת, וכך אמר: "נקשרה נפשי בתרבותה של יהדות ספרד. תרבות זו, שירתה, ספרותה ורוחה ליוו אותי בכל אשר פניתי… זכיתי להיות שותף בהעמדת נר זיכרון לאנשיה, לחכמיה ולמשורריה."

מוטיבים אלו מתרבות ספרד והמזרח יהוו עמודי תווך באפיון בית יוסף סגול לתרבות ספרד שיוקם כחלק ממרכז מורשת יצחק נבון. 

כנצר למגורשי ספרד פעל נבון לחקיקת חוק הרשות הלאומית לתרבות הלאדינו; כיהן כיושב ראש הרשות מיום הקמתה ועד זמן קצר לפני פטירתו ופעל לשימור תרבות עשירה זו, להנכחתה והנגשתה לציבור בישראל. בד בבד פעל לכינון הקשרים הדיפלומטיים עם ספרד ולהכרה רשמית של ספרד בגירוש היהודים ממנה.